Йованович командовал обороной в восточной Боснии-Герцеговине в период германо-итальянского вторжения в Югославию в апреле 1941 года. Захватчики были задержаны почти на 10 дней, что позволило эвакуировать до 15 процентов сухопутных войск Югославии в Грецию и в кратчайшие сроки укрепить ее обороноспособность. В 1941–1948-м Йованович – начальник Генштаба Народно-освободительной армии Югославии (НОАЮ).
В 1942 году подписал соглашение с партизанскими армиями Албании и Греции о совместных действиях против оккупантов («Наполеоны антикоммунизма»). Руководил операциями НОАЮ в Черногории и западной Сербии в 1942–1944-м. Именно Йованович организовал успешный десант по вызволению Тито и большей части Генштаба НОАЮ из окружения в Дрваре в начале июня 1944 года (подробнее – «Почему Сталин так переживал из-за «Пурги»).
“ Генерал бежал на югославско-румынскую границу, но был выслежен и застрелен титовской спецслужбой ”
По завершении освобождения Югославии предлагал согласиться на постоянное пребывание советских войск в стране, чтобы оперативно подавлять вылазки сепаратистов в Хорватии и Боснии и Герцеговине, укрепить оборону адриатического побережья. Но Тито отверг эту инициативу, что вскоре привело к жесткой конфронтации премьера с НГШ.
Указами Президиума Верховного Совета СССР от 5 сентября 1944 года и 15 октября 1945-го Йованович награжден орденами Кутузова и Суворова – «За выдающуюся боевую деятельность и за проявленные при этом храбрость и мужество в борьбе против общего врага СССР и Югославии – гитлеровской Германии». Награды были вручены в Москве.
Йованович поддержал позицию руководства СССР в отношении антисоветской политики Тито («За симпатии к СССР – на необитаемый остров»). Это привело к открытому конфликту с Тито и его приказу об аресте Йовановича. 11 августа 1948 года генерал бежал на югославско-румынскую границу (Бухарест поддерживал советскую оценку политики Тито). Но 12 августа был выслежен и застрелен титовской спецслужбой.
Советские и другие воинские награды Арсо Йовановича смогла сохранить его семья, несмотря на то, что родные и близкие полководца с 1948 по 1956 год находились под домашним арестом.
